A Prefeitura Municipal de Palmeira das Missões para desenvolver as suas atividades a participação da Secretarias que dentro de suas áreas são responsáveis pelo bom andamento dos trabalhos, atendendo as necessidades dos munícipes, bem como suas reivindicações de melhorias. São as seguintes: Secretaria Municipal da Administração; Secretaria Municipal de Educação; Secretaria Municipal da Fazenda; Secretaria Municipal da Saúde; Secretaria Municipal do Bem Estar Social; Secretaria Municipal de Cultura Desporto e Turismo; Secretaria Municipal de Atividades Públicas e Serviços Essenciais; Secretaria Municipal de Obras; Secretaria Municipal de Trânsito; Secretaria Municipal de Agricultura; Secretaria Municipal de Indústria e Comércio; Secretaria Municipal de Planejamento e a Procuradoria Geral do Município. Algumas Secretarias estão instaladas dentro do Prédio Administrativo como a Administração, Fazenda, Planejamento, Indústria e Comércio, Educação, Agricultura e Procuradoria. As demais estão instaladas em outros locais. Também está instalado no Prédio da Prefeitura o IBGE, EMATER e Conselho Tutelar.

            A Prefeitura Municipal além do Gabinete do Prefeito Lourenço Ardenghi Filho conta também com o Gabinete do Vice-Prefeito Nereu Piovesan.